Ғаффор Мирзоевга Тожикистон Жиноят кодексининг ўттиздан ортиқ банди бўйича айб қўйилган бўлиб, генерал одам ўлдириш, ноқонуний қурол-яроғ сақлаш, давлат мулкини ўзлаштириш кабиларда айбланмоқда. Мирзоев 2004 йил августида ҳибсга олинган бўлиб, унинг устидан маҳкама жараёни шу йилнинг январида бошланган эди.
